dachiiの携わるプロジェクトでも200行メソッドがあります。しかもPMやってます。
オブ脳も読んでます。でも言い訳すると、メンバー新人ばっかりで、納期もかなり短かったのです。デスマでしたから。
多段ネストや長いメソッドは、コピペにようｒ行数の倍々ゲームやifによる正常系のネストなどが多いです。
対症療法は
- コピペ禁止
- 似たような処理をくくりだすリファクタリングをやる
ですが、
根本的には良いソースを読んで、良い設計・良いプログラミングの感覚を身につけさせるしかないです。
PHPerとしては、PEARのソースを見たりするのがおすすめなんですけどね。